1、因地制宜對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不撒施菌肥，用噴霧的方法效果更明顯。因溫制宜高溫、低溫、干旱條件下的農田不宜施用菌肥。施用菌肥的***佳溫度是25-37℃，低于5℃或高于45℃時施用效果較差。土壤含水量在60-70%之間時，菌肥的肥效較好。因混制宜不應將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及稻草灰等混用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。如果一定要用上述藥、肥，可先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。將菌肥用于拌種時，切忌將拌有菌肥的種子與已拌有殺菌劑的種子混合使用。

　　2、此外，應防止將菌肥與未腐熟的農家肥混用。因量制宜對于多年施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不能大量減施化肥和有機肥。因為農作物會對化肥產生依賴性，用生物菌肥取代氮肥，農作物一下子不能適應。菌肥的取代量應做到***、第二和第三年分別取代氮肥的30%、40%和60%。磷、鉀肥只能補足，不能減少。因時制宜生物菌肥不是速效肥，在作物的營養(yǎng)臨界期和營養(yǎng)大量吸收期前7-10天施用，效果最佳。